1999年8月—2003年2月，曾历任仙桃市委副书记、代市长、市长等职务；2003年2月—2006年7月，任仙桃市委书记。

二零零一年九月的一个下午，大法弟子毛义强从新里仁口洗脑班走脱回家，当时市委书记马清明怕毛义强上访影响他官职，非法下令一定要抓住毛义强，否则相关人员下岗，所以形势极险恶。毛义强回来正好是往枪口上撞。六一零得知马上指使三伏潭镇政府将毛义强绑架到洗脑班。

后来直接导致了毛义强在看守所和洗脑班被迫害的脊椎弯曲坏死，体内脓肿，身上出现三个脓肿“瘘管”。在马清明的相关命令下，“六一零”头目贺国华等人用高压手段逼迫毛义强亲人，让毛义强上电视污蔑大法。

九月二十八日，湖北仙桃大法弟子王冬梅在家中被仙桃六一零绑架至麻港洗脑班。王冬梅已被四次非法关押，这次她才被从沙洋劳教所放回不到一年。

马清明自从中共邪党迫害大法弟子以来分别担任仙桃市长和邪党书记职务，在任职期间至少三名大法弟子被迫害致死，至少三十人被非法劳教，上百人被绑架洗脑，成百的家庭生活在恐怖与痛苦中，这些罪恶的发生，此人有不可推卸的责任。

随州市新任市长李红云、邪党市委书记马清明、公安局局长兼政法委书记万学斌，自从这三人来后，随州市大法弟子受到不同程度的干扰和迫害。